1. Clique em "New Session" (ícone na forma de um monitor do lado esquerdo-superior).

2. Clique em "New Site";
3. Preencha o nome do domínio que você está configurando;
4. No campo "FTP Site", repita o nome do domínio que está configurando por exemplo: domínio.xxx.xx";
5. Em "Default Directory" preencha o nome do diretório que você deseja que ele se conecte. Ex: /httpd/htdocs. Essa opção é opcional.
6. No campo "User ID", coloque o usuário;
7. No campo "Password", coloque a mesma senha configurada no WebAdmin. Selecione a opção "Save Password" para salvar as configurações;
8. Clique em "Advanced" para definir o seu diretório local (o diretório de seu computador).

9. No campo "Local Folder", defina o diretório em seu computador local, onde estão seus arquivos para upload ou download e clique em "OK". Campo opcional também.

10. Depois de tudo configurado, clique em "Connect" para se conectar e fazer os uploads e downloads em seu site.

Assim que completar a conexão, os diretórios de seu computador são os que apresentam na parte de baixo e os que apresentam acima são os diretórios do servidor.
11. Para fazer o Upload dos arquivos para o diretório desejado, é só selecionar os arquivos do seu computador e clicar na seta de Upload que está logo acima no menu ou você poderá arrastar os arquivos selecionados de baixo para cima, que o processo será o mesmo;
12. Para fazer o Download selecione os arquivos na janela de diretório de cima (servidor) e clique na seta de Download no menu logo acima ou use o arrastar de cima para baixo no diretórios.

Pronto, aguarde o processo e depois acesse o site pelo navegador para conferir se tudo ocorreu bem.